Det er tid for Enterprise-B å gjøre sin jomfrureise. Ombord på romskipet finnes de pensjonerte offiserene James T Kirk, Montgomery Scott og Pavel Chekov som hedersgjester. Under reisen oppdager Enterprise-B to farkoster som er fanget i Nexus, en mystisk energikilde. De bestemmer seg for en redningsaksjon som ender med at Kirk forsvinner ut i verdensrommet.