Vi befinner oss i det 23. århundret. Føderasjonens stjerneskip U.S.S. Enterprise™ er på en rutinemessig treningsmanøver, og det virker som om admiral James T. Kirk (William Shatner) har avfunnet seg med at denne inspeksjonen kan være det siste romoppdraget i hans karriere. Men Khan er tilbake. Med hjelp fra sin landsforviste bande av genetiske supermenn har Khan (Ricardo Montalban) – en genial overløper fra Jorden på 1900-tallet – plyndret romstasjonen Regula One, stjålet det topphemmelige apparatet Project Genesis, tatt kontrollen over et annet av føderasjonens stjerneskip, og nå planlegger han å legge en dødelig felle for sin gamle fiende Kirk... med trusselen om universets undergang! Med Kirstie Alley (Cheers™) i en slående filmdebut.