Det er på tide å møte det modige mannskapet på U.S.S. Enterprise igjen. På utforskningstokt gjennom verdensrommet ankommer Enterprise rombasen Yorktown. Her får de i oppgave å redde et skip som har forsvunnet sporløst i en nærliggende galakse. Under redningsoppdraget angripes Enterprise av en fiendtlig overmakt, og Kaptein James T. Kirk og resten av mannskapet hans blir strandet på en fremmed planet hvor en farlig fiende venter.