Under ledelse av en overløpende Jedi som heter Greve Dooku truer tusenvis av solsystemer med å trekke seg fra Den galaktiske republikken. Når senatoren Padmé Amidala, tidligere dronning av Naboo, blir utsatt for et mordforsøk, blir den 20 år gammel jedilærlingen Anakin Skywalker ansatt for å beskytte henne, mens mentoren hans Obi-Wan Kenobi skal etterforske mordforsøket. Det tar ikke lang tid før Anakin, Padmé og Obi-Wan dras inn i hjertet av de separatistiske områdene og begynnelsen på en ny trussel mot galaksen, Klonekrigen.