En karismatisk præst, Fader Flynn, forsøger at lempe på skolens hårde og strikse regler, som længe har været vogtet nidkært af Søster Aloysius Beauvier, der tror på magt og disciplin. Skolens politik udvikler sig, og man har netop optaget den første sorte student, Donald Miller. Da den naive Søster James over for Søster Aloysius afslører sin mistanke om, at Fader Flynn giver Donald for meget privat opmærksomhed...