Den specialtränade kontraktsmördaren Jason Bourne är fortfarande en man utan hemland och pass, filmen tar vid där The Bourne Identity och The Bourne Supremacy slutade. Efter att ha utkrävt hämnd på de personer som mördade hans flickvän försöker Bourne att glömma sitt förflutna och börja ett nytt liv. När en engelsk tidning spekulerar i hans existens blir Bourne återigen ett jagat villebråd.