En karismatisk präst, Fader Flynn, försöker tänja på skolans hårda och strikta regler, som länge har vaktats av Syster Aloysius Beauvier, den konservativa rektorn som tror på makt och disciplin. Politiken utvecklas och skolan har precis tagit in sin första svarta student, Donald Miller. När naiva Syster James berättar för Syster Aloysius om sina misstankar om att Fader Flynn ger för mycket privat uppmärksamhet åt Donald tar Syster Aloysius upp kampen mot Fader Flynn - trots hennes brist på bevis.