Tositapahtumien innoittama Colonia kertoo Lenasta ja Danielista, nuoresta parista, joka joutuu osalliseksi Chilen sotilasvallankaappauksen tapahtumiin vuonna 1973. Pinochetin salainen poliisi sieppaa Danielin, ja Lena saa tietää, että hänet on viety Colonia Dignidadiin, eristyksissä olevaan paikkaan maan eteläosaan. Ulkopuolisten silmin Colonia on harmiton uskonnollinen yhteisö. Lena päättää liittyä tähän salaperäiseen kulttiin löytääkseen Danielin.