Under ledelse af en Jedi ved navn Greve Dooku truer tusinder af solsystemer med at træde ud af Den Galaktiske Republik. Da senator Padmé Amidala, tidligere dronning af Naboo, bliver udsat for et mordforsøg, betror man den 20-årige Jedilærling Anakin Skywalker at beskytte hende, mens hans mentor Obi-Wan Kenobi efterforsker mordforsøget. Der går ikke lang tid, før Anakin, Padmé og Obi-Wan inddrages i hjertet af de separatistiske områder og starten på en ny trussel mod galaksen, Klonkrigen.