I kølvandet på Spocks ultimative offer og død vender besætningen på U.S.S. Enterprise tilbage til Jorden fra den nyskabte planet, Genesis. Da de ankommer til Jorden, finder de dog ud af, at livet her ikke er meget lettere: Scotty bliver forflyttet, Dr. 'Bones' McCoy synes at være blevet sindssyg, og rumskibet Enterprise bliver taget ud af tjeneste. Først da Kirk konfronteres af Spocks far, finder han ud af, at hans gamle ven måske alligevel kan reddes. Men det kræver, at besætningen nedkæmper klingonerne og vender tilbage til planeten Genesis.