I 1600-tallet rejser to jesuiterpræster til Japan for at lede deres forsvundne mentor, fader Ferreira, som siges at have mistet sin tro. De ankommer til et uforsonligt land, hvor kristendommen er bandlyst, og kontakt med den vesterlandske kultur er uønsket. Shogunstyrets tortur af kristne får præsterne til at spekulere over Guds manglende indgriben.