Hans navn er John Matrix. Han er intelligent, fysisk overlegen og specialist i de mest avancerede våben. Han har været med til at styrte den diktatoriske præsident i den sydamerikanske stat Val Verde, og erstatte ham med en demokratisk valgt præsident, Valasquez. Matrix er nu pensioneret, ikke fordi han ikke længere er i form, men simpelthen fordi for mange mennesker hellere så ham død end levende. Han lever nu et stille liv med sin 11-årige datter. Den afsatte diktator, General Arius, har bare ikke opgivet håbet om en dag at vende tilbage til tronen, og hans eneste mulighed er, at få Matrix til at vende tilbage til Val Verde og myrde Valasquez. Hvordan får man en mand af Matrix støbning til at gå mod sine egne principper? Man får fat i det mest dyrebare han har, og tvinger ham til at gøre nøjagtigt som man vil.