Ved hjælp af banebrydende teknik, som låser Callum Lynchs genetiske hukommelse op, oplever han sin forfader Aguilars eventyr i 1400-tallets Spanien. Callum opdager, at han nedstammer fra et mystisk og hemmeligt selskab, Assassinerne, og besidder viden og evner til at tage kampen op mod den onde og stærke Tempelridderorden i nutiden.