I det 4. århundrede er Alexandria i Egypten hjemsted for det legendariske bibliotek, et sæde for viden og lærdom uden sammenligning i den antikke verden. Filosoffen Hypatia brænder for videnskaben og er på vej til at afsløre mysteriet om solsystemet, århundreder før Copernicus og Galileo. Men hendes arbejde trues af kristendommens fremmarch og konflikter mellem kristne og hedninge...