Följ med Thomas och vännerna på ett helt nytt långfilmsäventyr! Denna gång tuffar Thomas in i ett outforskat område och upptäcker den bortglömda staden Vattenköpinge. Kontrollchefen bestämmer att staden ska renoveras lagom till Rälsöns Dag och det nya loket Stanley kommer till ön för att hjälpa Thomas med det stora arbetet. Stanley visar sig vara lite för duktig och stark, vilket gör att Thomas upplever att hans position som Rälsöns bästa lok är i fara.