Filmen tar vid där den första Resident Evil slutade. Ett dödligt virus är löst i Raccoon City och organisationen Umbrella skickar dit ett team för att få ut de överlevande och förhindra spridning av viruset. Alice är en av de två som överlevde den biokemiska katastrofen. Alice har utsatts för biogenetiska experiment och hennes genetik har förändrats. Hon har fått övernaturlig styrka och hennes sinnen har skärpts, någonting som hon kommer att behöva om någon ska komma därifrån levande?