Trebarnsmodern Isabell försöker ensam driva familjegården i 1940-talets England, medan hennes man är borta och strider i andra världskriget. De tre barnens kusiner kommer för att bo hos dem, då svågern försöker få henne att sälja gården. Med hjälp av allt från en flygande motorcykel till en trädklättrande griskulting hittar Nanny McPhee precis rätt trollformel för att lära barnen fem nya läxor.