Jakes farfar lämnar ett antal ledtrådar till ett mysterium som spänner över olika världar och tid och leder till Miss Peregrines hem för besynnerliga barn. Mysteriet blir tydligare när Jake lär sig mer om sina nya vänner och deras förmågor. Snart upptäcker han också vilka mäktiga fiender de har och inser att endast hans egen ”förmåga” kan rädda dem.