Jimmy Neutron: Boy Genius, försöker få kontakt med en utomjordisk civilisation. Vad han inte vet är att den satellit han skickar iväg (okej, det är en brödrost, men det fungerar!) plockas upp av en utomjordisk ras. I skydd av nattens mörker flyger utomjordingarna mot jorden i sina kycklingliknande krigsskepp, och för bort alla föräldrar i Jimmys hemstad Retroville. Nu måste Jimmy tillverka en flotta av rymdskepp med hjälp av attraktionerna i stadens nya nöjespark (kom ihåg att han är ett underbarn!) och få upp dem i rymden för att rädda Retrovilles bortförda föräldrar. Men det är bråttom! Utomjordingarna planerar nämligen att använda föräldrarna som människooffer. Med sin robothund Goddard och bästa vännen Carl vid sin sida söker sig Jimmy tillsammans med de andra barnen i Retroville mot skyarna på en garanterat lyckad resa!