Trebarnsmoren Isabell prøver å drive familiegården alene på 1940-tallets England mens mannen er borte og kjemper i andre verdenskrig. De tre barnas søskenbarn kommer for å bo hos dem, da svogeren prøver å få henne til å selge gården. Med hjelp av alt fra en flygende motorsykkel til en treklatrende grisunge finner Nanny McPhee akkurat rett trylleformel for å lære barna fem nye lekser.