2029 - En kvinnelig kybernetisk statlig agent, major Mokoto Kusanagi, og Internal Bureau of Investigations er på jakt etter "The Puppet Master", et mystisk og truende datavirus som kan infiltrere menneskelige verter. Sammen med andre agenter fra Seksjon 9 starter de et høyteknologisk kappløp mot klokken for å fange det alltid tilstedeværende vesenet.