Elokuva kertoo Scooby-Doon ja ystävien ensimmäisestä mysteeristä, josta kaikki sai alkunsa. Tuttu nelikko sekä vielä pentuikäinen Scooby-Doo joutuvat syyttä syytetyksi käytännön pilasta ja päättävät yhdistää voimansa selvittääkseen tilanteen sekä ensimmäisen yliluonnollisen mysteerinsä. Edessä on melkoinen seikkailu!