Kun vaarallinen vanki pakenee Tartaruksesta, prinsessa Celestia valitsee Twilightin sijaan Discordin auttamaan tämän jäljityksessä. Twilight ponnistelee löytääkseen oman tärkeän roolinsa Equestriassa ja keskittyykin Harmonian puulta saadun arkun avaamiseen.