Major Motoko Kusanagi on puoliksi ihminen, puoliksi robotti. Tiimeineen hän johtaa hallituksen kyberterrorismin vastaista yksikköä. Uudenlaisen uhan noustessa esille Kusanagi on täydellinen valinta tehtävään, joka uhkaa kuitenkin kyseenalaistaa kaiken, mihin hän on aiemmin uskonut. Mitä syvemmälle hän pääsee uusien salaisuuksien jäljille, sitä suuremmaksi nousevat myös vaarat.