Tässä Beethovenin jatko-osassa Beethovenista tulee ylpeä isä, kun Beethoven ja tämän unelmien narttu Missy lyövät hynttyyt yhteen. Valitettavasti vain Missyn omistaja Regina aikoo itsekkäästi käyttää pentuja aseena eroa kaavaillessaan. Newtonin perheen lapset eivät jää tumput suorina seisomaan pentujen ollessa uhattuina vaan päättävät pelastaa ne! Mutta onnistuvatko neuvokkaat tenavat? Entä miten käy pentujen äidille, Missylle? Beethoven on valmis laittamaan kaiken pelin yhdistääkseen perheensä jälleen saman katon alle....