Eliittisotilas Deunan Knute joutuu hyökkäyksessä Olympukseen. Olympus on kaupunkiutopia, jossa ihmiset ja Bioriderit elävät keskenään sulassa sovussa ja jossa ihmisen pahuus on kitketty pois. Kaupunkia uhkaavat ihmisterroristit. Täydelisen sotilaan, Deunanin tehtävänä on pelastaa Olympykselle elintärkeä Appleseed-seerumi terroristeilta yhdessä entisen kumppaninsa Briarosin kanssa.