Mitä jos tuntemamme maailma onkin harhaa ja todellisuutemme onkin oikeasti tietokonesimulaatio? Kriitikoiden ylistämä ohjaaja Rodney Ascher sukeltaa tämän kysymyksen perässä tieteen, filosofian ja salaliittoteorioiden kaninkoloon. A Glitch in the Matrix luotaa tätä perustavanlaatuista kysymystä popkulttuuriviittausten keinoin ja päästää ääneen ihmisiä, jotka väittävät todistaneensa "virheitä Matrixissa".