Apocalypse, den første og stærkeste af alle mutanter i X-Men universet, tog kræfter fra andre mutanter for blandt andet at blive udødelig og usynlig. Efter tusinder af år vågner han igen og bliver dybt skuffet over den nye verden, der møder ham. Han rekrutterer en stribe mutanter for at rense verden for mennesker og skabe en ny verdensorden, hvor han selv regerer.