Da en CIA operation, der forsøger at købe hemmeligstemplede russiske dokumenter, bliver afsløret af en rivaliserende agent, som senere dukker op i den stille kystby, hvor Bourne og Marie har levet under falske navne, er de nødt til at flygte fra det liv de har skabt der. Bourne bliver endnu en gang tvunget til at komme i kontakt med sit tidligere liv, hvor han var en veltrænet lejemorder.