Skildpadderne tror, at deres fjende Shredder døde, da han faldt i affaldsknuseren i slutningen af den foregående film. Fodklanen har opdaget på deres skjulested i kloakkerne, og derfor padderne hos journalisten April, mens de leder efter et nyt tilholdssted. Shredder vender tilbage og muteres til Super-Shredder. En endegyldig strid mellem dem finder sted i havnen, og skildpadderne undslipper med nød og næppe.