Under en tornado i vandet syd for Boston bliver Joe Randall fascineret af det usædvanlige vejr, men indser snart, at det ikke er nogen almindelig storm. Da tornadoen rykker ind i landet, bliver indbyggerne i Boston pludselig fanget i en dødsensfarlig storm. Med byen under belejring indser Joe, hans søster Maddy og hans gamle kollega Lee, at står over for et helt nyt vejrfænomen, nemlig Stonados.