Verdens mest elskede fugle, Pingvinerne fra Madagaskar, er nu tilbage i deres første helt egen storfilm i biografen! Skipper, Kowalski, Rico og Rekrut tager ud på en superhemmelig opgave for at forhindre den ondskabsfulde Dr. Octavius Brine i at overtage verden. De samarbejder med den hippe efterterningstjeneste Nordenvinden, som ledes af agent Hemmelig (vi kan sige hans navn, men då skal vi... ja, I ved nok).