Trebørnsmoderen Isabell er alene på familiegården i 1940'ernes England, mens hendes mand er i krig. De tre børns fætter og kusine skal bo hos dem, da svogeren forsøger at få hende til at sælge gården. Ved hjælp af alt fra en flyvende motorcykel til en træklatrende gris finder Nanny McPhee den rette trylleformular til at lære børnene fem nye ting.