Molly Mahoney er den lidt sære og usikre chef for Den magiske legetøjsbutik, som er den den mest fantastiske, anderledes og vidunderlige legetøjsbutik i verden. Som 243-årig beslutter Mr Magorium sig for at overdrage butikken til Molly, samtidigt med at en ny revisor begynder. Men han forstår slet ikke den utrolige butik, så Molly og resten af personalen går sammen og protesterer mod den nye revisor ved at lukke af for al magi i butikken, indtil han forstår, hvor vindunderlig og bemærkelsesværdig butikken egentlig er.