G. I. Joe er navnet på en hemmelig elitestyrke, der udstyret med de nyeste og mest topmoderne våben. Efter at et højtteknologisk hemmeligt våben er blevet stjålet af den hensynsløse Cobra-organisation, må G.I. Joe-gruppen kæmpe mod klokken for at forhindre Cobra fra at bruge våbenet og forvandle vores planet til et kaos.