2029 - en kvindelig cybernetisk regeringsagent, major Mokoto Kusanagi, og Internal Bureau of Investigations er på jagt efter "The Puppet Master", et mystisk og truende datavirus, som kan infiltrere menneskeværter. Sammen med andre agenter fra sektion 9 indleder de en højteknologisk kamp mod tiden for at fange det evigt tilstedeværende væsen.