Under den amerikanske Borgerkrig flygter en soldat fra slagmarken, desillusioneret over de grusomme ting, der har ramt hans familie. Under sin flugt samler han støtte fra andre desertører til at lede et oprør mod sine tidligere kammerater med det mål at skabe en fristad. Han indleder også en forbudt kærlighed, som skulle vise sig at blive historisk. Free State of Jones bygger på den spændende, rørende og sande beretning om Newton Knight.