Cube Zero udspiller sig før den første film om dette kubiske torturredskab. Historien tager udgangspunkt i en mand, der netop er blevet ansat i firmaet og som nægter at være med til at plage fangerne i The Cube. Desuden støder han på information, der viser, at fangerne faktisk ikke har skrevet under på, at de indvilliger i at blive sat i kuben. Han går derfor frivilligt selv ind i kuben for at hjælpe en kvinde med at finde ud igen.