Efter at Scientologykirken har afvist at samarbejde med skabelsen af en dokumentarfilm, er Louis Theroux begyndt at samarbejde med en tidligere scientolog, Mark Rathbun, i stedet. Kirken overvåger Theroux og filmteamet, hvilket fører til hidsige konfrontationer. Theroux spørger også ind til Rathbuns tidligere medvirken i kirkens "terroristiske" aktiviteter, hvilket giver en del spændinger mellem de to.