Året er 1868, og et mystisk "søuhyre" har gennem nogen tid angrebet og sænket skibe ud for den amerikanske kyst. Fartøjet Abraham Lincoln får til opgave at kontrollere og tilintetgøre uhyret. Også Abraham Lincoln bliver angrebet og synker, men tre af passagererne overlever og bliver reddet af kaptajn Nemo på det, der i virkeligheden er ubåden Nautilus. Kaptajn Nemo holder dem fanget for at tage dem med på en rejse Jorden rundt i sin ubåd og vise dem, at der er en bedre verden end den over vandoverfladen.